治療の流れとしては、まず、よくお話を伺います。
必要によっては、症状に対するアンケートや、質問形式の健康調査票を記入していただきます。

また、レントゲン撮影や、お口の中や、お口の周りのさまざまな検査をおこない、それらのデータを基に「除外診断」をおこない、歯科的な治療で症状が改善する可能性があるかどうかを判断します。
除外診断とは、疾患（病気）を消去法的に診断することをいいます。

身体疾患（実際の体の病気）が否定されてはじめて、「精神疾患による身体症状」であると確定することができます。
しかし、除外診断をおこなうには、症状の原因となる可能性のあるものを一つずつ除外していかないといけないので、非常に時間のかかる場合があります。

そして、全身疾患を含めた総合的な診断とともに、当センターで治療可能な場合は歯科治療と心身医学的治療とを併行させ、時には精神科や心療内科とのリエゾン（連携）もおこない、治療を進めていきます。

また、当センターはあくまでも「歯科」なので、「うつ病」、「統合失調症」や「不安障害」などの精神疾患（病気）の治療をおこなう診療科ではありません。ですから、歯科的に問題のない場合や、歯科的に問題はあるものの、歯科治療だけでは治癒の見込み（治る見込み）のない場合は、精神科や心療内科での治療や、精神科や心療内科に受診しながら当センターで歯科治療をおこなっていくことをおすすめしています。